Auparavant elle occupe l'une des salles du rez-de-chaussée du bâtiment principal béni le 27 octobre 1663 en présence de l'évêque de Babylone, mais aussi de Bossuet qui prononce un sermon de circonstance.

Lors de la cérémonie de la pose de la première pierre le 24 avril 1683, une médaille à l’effigie de Louis XIV est placée dans les fondations marquant officiellement la bienveillance du roi envers le séminaire.

Le 7 août 1683, la crypte est bénie et, sous le nom de Chapelle de l’Épiphanie (première manifestation de Jésus aux Gentils), devient chapelle provisoire.

La construction s’achève en 1697. Tout au long du XVIIIe siècle, elle voit partir des missionnaires.

Caserne de la garde nationale pendant la Révolution, elle est déclarée en 1798 bien national (comme le séminaire) ; mise en vente, elle est discrètement rachetée.

En 1802, elle ouvre à nouveau ses portes sous le nom d’Église Saint François-Xavier, église succursale de la paroisse Saint Thomas d’Aquin, et voit augmenter le nombre et l’importance des départs en mission.

Le 8 juillet 1848, elle accueille les obsèques de l’un de ses paroissiens : François-René de Chateaubriand, en présence de Victor Hugo, Sainte-Beuve, Honoré de Balzac et presque tout l’Institut.

En 1851, Charles Gounod, organiste attitré, compose la musique du Chant pour le départ des missionnaires, puis celle du Chant pour l’anniversaire des Martyrs. En 1874, la construction d’une nouvelle église paroissiale place du président Mitthouard, l’église Saint François-Xavier des Missions Etrangères, s’achève.

La chapelle de la rue du Bac revient alors à sa première destination et reprend son nom d’origine.

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